GC-MS 聯(lián)用后，氣相色譜儀部分的氣路系統(tǒng)和質(zhì)譜儀的真空系統(tǒng)幾乎不變，僅增加了接口的氣路和接口真空系統(tǒng)。

　　我們把氣質(zhì)聯(lián)用法和氣相色譜法作一簡單比較，可見如下一些性能和操作上的區(qū)別。

　　1.GC-MS 方法定性參數(shù)增加，定性可靠。GC-MS 方法不僅與GC方法一樣能提供保留時間，而且還能提供質(zhì)譜圖，由質(zhì)譜圖、分子離子峰的準(zhǔn)確質(zhì)量、碎片離子峰強比、同位素離子峰、選擇離子的子離子質(zhì)譜圖等使GC-MS 方法定性遠比GC方法可靠。

　　2.GC-MS 方法是一種通用的色譜檢測方法，但靈敏度卻遠高于GC 方法中的通用檢測器中任何一種。GC方法中常用的只有FID和TCD是通用檢測器，其余都是選擇性檢測器，與檢測樣品中的元素或官能團有關(guān)。

　　3.雖然用氣相色譜儀的選擇性檢測器，能對一些特殊的化合物進行檢測，不受復(fù)雜基質(zhì)的干擾，但難以用同一檢測器同時檢測多類不同的化合物，而不受基質(zhì)的干擾。而采用色質(zhì)聯(lián)用中的提取離子色譜、選擇離子檢測等技術(shù)可降低化學(xué)噪聲的影響，分離出總離子圖上尚未分離的色譜峰。在色質(zhì)聯(lián)用技術(shù)中，高分辨質(zhì)譜的聯(lián)用儀檢測準(zhǔn)確質(zhì)量數(shù)、串聯(lián)質(zhì)譜（時間串聯(lián)或空間串聯(lián)）的選擇反應(yīng)檢測或選擇離子子離子檢測等均能在一定程度上降低化學(xué)噪音，提高信噪比。

　　4.從氣相色譜和氣質(zhì)聯(lián)用的一般經(jīng)驗來說、質(zhì)譜儀定量似乎總不如氣相色譜儀，但是，由于氣質(zhì)聯(lián)用可用同位素稀釋和內(nèi)標(biāo)技術(shù)，以及質(zhì)譜技術(shù)的不斷改進，氣質(zhì)聯(lián)用儀的定量分析精度極大改善。在一些低濃度的定量分析中，接近多數(shù)氣相色譜儀檢測器的檢測下，氣質(zhì)聯(lián)用儀的定量精度優(yōu)于氣相色譜儀。

　　5.氣相色譜方法中的大多數(shù)樣品處理方法、分離條件、儀器維護等都要保持，移植成為氣質(zhì)聯(lián)用的方法。在氣質(zhì)聯(lián)用中選擇衍生化試劑時，要求衍生化物在一般的離子化條件下能產(chǎn)生穩(wěn)定的、合適的質(zhì)量碎片。

　　6.氣相色譜法中，經(jīng)過一段時間的使用，某些檢測器需要清洗。在氣質(zhì)聯(lián)用中檢測器不需要經(jīng)常清洗，需要清洗的是離子源或離子盒。離子源或離子盤是否清潔，是影響儀器工作狀態(tài)的重要因素。柱老化時不聯(lián)接質(zhì)譜儀、減少注入高濃度樣品、防止引入高沸點組分、盡量減少進樣量、防止真空泄漏、反油等是防止離子源污染的方法。氣相色譜工作時的合適溫度參數(shù)均可以移植到氣質(zhì)聯(lián)用儀上，其他各部件的溫度設(shè)置要注意防止出現(xiàn)冷點，否則，GC-MS 的色譜分辨率將會惡化。