總的來說，消毒和滅菌，兩者有以下三方面差別：
第一，兩者要求達到的處理水平不同。消毒只要求殺滅或/和清除致病微生物，使其數(shù)量減少到不再能引起人發(fā)病。滅菌不僅要求殺滅或/和清除致病微生物，還要求將所有微生物全部殺滅或/和清除掉，包括非致病微生物。總之，消毒只要求場所與物品達到無害化水平，而滅菌則要求達到?jīng)]有一個活菌存在。
第二，兩者選用的處理方法不同。滅菌與消毒相比，要求更高，處理更難。滅菌必須選用能殺滅抵抗力很強的微生物(細菌芽孢)的物理方法或化學滅菌劑，而消毒只需選用具有一定殺菌效力的物理方法、化學消毒劑或生物消毒劑。將滅菌的處理方法用于消毒不僅是殺雞用牛刀沒有必要，而且還會產(chǎn)生本來可以不發(fā)生的副作用；而如果將消毒的處理方法用于滅菌，將會導致滅菌失敗。
第三，應用的場所與處理的物品也不同。滅菌主要用于處理醫(yī)院中進入人體無菌組織器官的診療用品和需要滅菌的工業(yè)產(chǎn)品，消毒用于處理日常生活和工作場所的物品，也用于醫(yī)院中一般場所與物品的處理。
簡單地說，在操作上消毒比滅菌更簡單，而效果上滅菌比消毒更好。消毒用于處理日常生活和工作場所的物品；滅菌主要用在需要無菌環(huán)境的食品工業(yè)和醫(yī)藥領域。
