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Dark DNA基因測序?qū)游镞M化有何影響-齊一生物編

2017-9-8  

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DNA 測序技術正在幫助科學家解開人類在數(shù)百年一直詢問的動物謎題。

通過繪制動物基因組,我們現(xiàn)在更清楚地了解,長頸鹿的脖子為什么那么大,蛇為什么有那么長的身子?;蚪M測序使我們能夠比較和對比不同動物的 DNA,并且發(fā)現(xiàn)這些動物如何以自己*的方式進化發(fā)展。

但在某些情況下,我們面臨著一個謎題。一些動物的基因組似乎缺少某些基因,但是這些基因會出現(xiàn)在其他類似的物種里,而且動物的存活都必須有這些基因的存在。這些明顯缺失的基因被稱為“Dark DNA”,而它的存在可以改變我們對進化的思考方式。

我和同事*次遇到這種現(xiàn)象是我們在測序沙鼠(嗜沙肥鼠)基因組的時候,這是生活在沙漠的一種沙鼠。我們特別想要研究與生產(chǎn)胰島素相關的沙鼠基因,以了解為什么沙鼠特別容易患二型糖尿病。

但是,當我們在尋找一種控制胰島素分泌的 Pdx1 基因時,我們發(fā)現(xiàn)這種基因處于缺失狀態(tài),但其他 87 個基因圍繞在它周圍。其中一些缺失的基因,包括 Pdx1 基因,都是*的,沒有它們動物就無法存活。那么這些基因都在何處呢?

*個線索是,在沙鼠的幾個身體組織中,我們發(fā)現(xiàn)了受“缺失”基因指示而產(chǎn)生的化學產(chǎn)物,這只有在這些基因存在于基因組中的某個地方時才能實現(xiàn)。這就表明它們并不是真的缺失,只是隱藏起來了。

這些基因的 DNA 序列擁有大量的 G 分子和 C 分子,它們是構成 DNA 的四個“基本”分子中的兩個。我們知道富含 GC 的序列會對某些 DNA 測序技術造成一些問題。與遺漏相比,我們難以探測我們想要尋找的基因,這使得發(fā)生這種情況的可能性更大。因此,我們將隱藏的序列稱為“Dark DNA”,這參考了暗物質(zhì)的名稱。我們認為暗物質(zhì)在宇宙構成中的比重約為 25%,但是,我們無法進行實際檢測。

通過進一步研究沙鼠基因組,我們發(fā)現(xiàn)其中一部分基因組中的突變特別多,遠遠超過在其他嚙齒動物基因組中發(fā)現(xiàn)的突變?,F(xiàn)在,在這一突變熱點內(nèi)的所有基因都擁有富含 GC 分子的 DNA,而且這些基因都變得難以用標準的方法進行檢測。過多的突變通常會阻止基因正常工作,但是不管怎樣,盡管 DNA 序列發(fā)生了*的改變,沙鼠的基因仍能發(fā)揮它的作用。

這對基因來說是非常困難的任務。

以前曾在鳥類中發(fā)現(xiàn)了這種 Dark DNA??茖W家發(fā)現(xiàn),目前測序的鳥類基因組中缺失了 274 個基因。這些缺失基因包括瘦素基因(一種調(diào)節(jié)能量平衡的激素),科學家多年來都無法找到這種基因。這些基因也擁有非常高的 GC 含量,并且它們的產(chǎn)物存在于鳥體組織中,即便這些基因似乎在基因組序列中處于缺失狀態(tài)。

什么是 Dark DNA?

 

大多數(shù)教科書對進化的定義表明它分為兩個階段:突變,然后就是自然選擇。

DNA 突變是一個常見且連續(xù)的過程,*隨機發(fā)生。然后,自然選擇用于確定突變是否會繼續(xù),這通常取決于它們是否帶來了更高的繁殖成功率??傊?,突變會造成生物 DNA 的變異,自然選擇決定它是留下還是消失,所以自然選擇影響了進化的方向。

但是,基因組內(nèi)的高突變熱點意味著某些位置的基因比其他的基因更易發(fā)生突變。這意味著,這樣的熱點可能是不受重視的機制,它也可能影響進化的方向,這表明自然選擇可能的推動力。

到目前為止,Dark DNA 似乎存在于兩種非常多樣化和*不同類型的動物中。但是,我們現(xiàn)在還不清楚它的普遍程度。

所有的動物基因組都可以擁有 Dark DNA 么?如果不是這樣的話,那是什么讓沙鼠和鳥類如此的*?亟待解決的,也zui令人激動的迷題將會找出 Dark DNA 對動物進化有何影響。

在沙鼠的例子中,我們發(fā)現(xiàn)突變熱點可能會使動物適應沙漠生活。但另一方面,突變可能會發(fā)生得非???,以至于自然選擇無法做出足夠快速的反應來去除 DNA 中的有害物質(zhì)。如果是這樣,這意味著有害突變可以抑制沙鼠在沙漠之外的環(huán)境生存。

發(fā)現(xiàn)這樣一個奇怪的現(xiàn)象肯定會引起關于基因組進化發(fā)展的各種問題,以及在現(xiàn)有基因組測序項目中有可能會遺漏什么的問題。也許我們需要回過頭去再仔細觀察一下。

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