齊一生物科技（上海）有限公司
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日前，中國科學(xué)院微生物研究所趙瑞琳課題組把真菌的演化時(shí)間應(yīng)用于確定分類等級(jí)和分類系統(tǒng)重建工作中，制定了演化時(shí)間作為確定分類等級(jí)的一個(gè)新標(biāo)準(zhǔn)。她說：“在劃分單系類群的分類等級(jí)時(shí)，相同分類等級(jí)的演化時(shí)間應(yīng)大體一致；高分類等級(jí)的演化時(shí)間要早于低分類等級(jí)的原則。”相關(guān)論文已發(fā)表于真菌學(xué)領(lǐng)域的期刊。
趙瑞琳介紹了該研究思路首先在種類及進(jìn)化支序繁多的蘑菇屬上應(yīng)用，具體工作為：在 700 余世界各地樣品初步的系統(tǒng)發(fā)育分析的基礎(chǔ)上，以兩個(gè)傘菌綱化石標(biāo)本為演化時(shí)間校訂點(diǎn)，通過多基因序列的分子鐘分析，確定蘑菇屬演化形成于 6600 萬年前；在 3000 萬年前形成 6 個(gè)單系支序（被命名為亞屬）；在 2000 萬年前左右，進(jìn)一步分化出的 22 個(gè)單系支序（被命名為組）；而其他單系支序由于形成時(shí)間明顯晚于上述時(shí)間，不被劃分為任何一個(gè)種上分類單元，zui終重建了蘑菇屬的世界性分類體系，解決了蘑菇屬內(nèi)大量新進(jìn)化分支的命名分類難點(diǎn)。
趙瑞琳說：“我們首先集結(jié)近十年來擔(dān)子菌門的進(jìn)展，分別構(gòu)建了擔(dān)子菌門 6 個(gè)基因的系統(tǒng)發(fā)育圖譜，及基于 396 個(gè)直系同源基因的系統(tǒng)發(fā)育圖譜。”
隨后的分子鐘分析表明擔(dān)子菌門演化形成于 5.3 億年前，擔(dān)子菌門中 4 個(gè)亞門的演化時(shí)間為 4 億~4.9 億年前，對(duì)于具有大型子實(shí)體的傘菌綱的演化時(shí)間范圍分別為 3.4 億~3.9 億年前，具有較小子實(shí)體的銹菌亞門和黑粉菌亞門中綱的演化時(shí)間范圍分別為 2.4 億~3.4 億年前；擔(dān)子菌門中各個(gè)目的演化時(shí)間為 1.2 億~2.9 億年前。
因此，趙瑞琳建議把這些演化時(shí)間作為建立擔(dān)子菌門中目及目以上分類等級(jí)的一個(gè)依據(jù)。借助于演化時(shí)間這一新標(biāo)準(zhǔn)，還新認(rèn)定一個(gè)亞門 Wallemiomycotina；發(fā)現(xiàn) 1 個(gè)目由于過于年輕的演化時(shí)間建議廢除；2 個(gè)科由于具有的古老演化時(shí)間，分別正式提升為 2 個(gè)目。
趙瑞琳課題組的研究表明，演化時(shí)間可以成為劃分真菌分類等級(jí)的一個(gè)新標(biāo)準(zhǔn)，而且給出了擔(dān)子菌門劃分亞門、綱、亞綱和目的演化時(shí)間范圍標(biāo)準(zhǔn)。此研究方法為解決大量發(fā)現(xiàn)的新進(jìn)化支序的合理分類問題，制定更客觀和穩(wěn)定的分類系統(tǒng)提供新的依據(jù)，目前已在其他類群（如子囊菌門，表生真菌等）的系統(tǒng)學(xué)研究中采用。
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