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巴氏殺菌機的原理是巴氏消毒法，是一種利用較低的溫度既可殺死病菌又能保持物品中營養(yǎng)物質風味不變的消毒法。一般微生物生長的適宜溫度為28℃—37℃，溫度太高，細菌就會死亡。巴氏殺菌機就是一種是將牛奶等食品加熱到60~65℃，保持30分鐘殺菌，然后將溫度急速冷卻到4-5℃進行保存。這種殺菌，多用于牛奶等，既能將病原菌殺死，也可減少營養(yǎng)損失。但這種消毒方法，不能殺死所有細菌和微生物，因此保質時間很短。
巴氏殺菌機加熱有兩種形式，一是電加熱，二蒸汽加熱。因為巴氏滅菌法是低溫殺菌。這里所說的低溫只是相對高溫高壓殺菌機來言。
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