公司動態(tài)
通過循環(huán)PCR組裝誘變寡核苷酸
發(fā)布時間:2010-8-9循環(huán)PCR是一種在編碼序列上相隔較遠但不連續(xù)的一些位置上設計突變的方法。在泛素的案例中,組合在特定位點上的含有簡并密碼子DTS的4個重疊的引物,以得到128 bp長的產物。
用循環(huán)PCR來組裝雙鏈的筒并誘變寡核苷酸
[器材和試劑]
● Deep Vent DNA聚合酶 (New England Biolabs)
● 10XDeep Vent DNA聚合酶緩沖液(New England Bi01abs)
● 100mm01/LMgS04 (NewEnglandBiolabs)
● G、 A、 T、 C各含25 mmol/L的dNTP(NaW England Bi01abs)
● 無菌超純水
● PCR儀
● 礦物油(Sigma)
● 瓊脂糖凝膠電泳所需的設備及試劑
● 離心柱式試劑盒(Stratagene-Strataprep型DNA膠回收試劑盒,Cat.number 400766)
[方法]
1.根據(jù)泛素文庫引物的示例所闡明的原理,為循環(huán)PCR的方法設計引物。內側引物之間的重疊部分應為約20個核苷酸,并且熔解溫度在55—60℃之間。如果可能應設計互補部分避開誘變位置。
2.準備lml的引物儲存液,用無菌去離子水配成的10pmol/ul濃度。
3.準備lml體積的“內側”引物的梯度稀釋液,濃度依次為:lpmol/ul、0.1pmol/ul、0.01pmol/ul。利用這些引物稀釋液,建立一系列具有不同的外側引物和內側引物之比的PCR反應(如:1:1、1:0.1、1: 0.01或l:0.001)。
4.依次加入下列試劑并混勻,建立一系列PCR反應體系:
● 超純水,67/Al
● 10XDeepVentDiNA聚合酶緩沖液,10ul
● 100mmol/L MgSO4,6ul
● dNTP,5u1
● 引物1(10pm01/ul),2.5ul
● 引物2(合適的稀釋液),2.5ul
● 引物3(合適的稀釋液)2.5ul
● 引物4(10pmol/ul),2.5ul
● DeepVentDiNA聚合酶(2u/ul),2.0ul
5.將小管短暫離心,用礦物油①覆蓋液面后將小管置于PCR儀中。
6.讓反應進行25~30個循環(huán),條件為:94℃2分鐘;在引物重疊部分的熔解溫度下2分鐘(在泛素案例中是56℃);72℃1分鐘;zui后再在72℃下保持10分鐘。
7.用合適比例(如對于這里128 bp的目標產物用1%一2%的比例)的低熔點瓊脂糖凝膠純化PCR產物,切下恰當大小的條帶,用離心柱式試劑盒或者其他的標準步驟提取DNA,并連接反應成功的反應產物。
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