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在整個淘選過程中zui重要的步驟是選擇只與誘餌特異性相互作用的克隆，排除假陽性克隆的方法取決于所使用的誘餌的自然屬性。用噬菌體—ELISA實驗可以區(qū)別結合者和非結合者。為了區(qū)別特異性結合者和非特異性結合者，可以另做一個誘餌淘選過程來測試是否為合適的誘餌。為了減小分析克隆的概率，建議對PCR得到的感興趣的克隆基因片段使用引物pG6F和pG6R。

1 噬菌體酶聯(lián)免疫吸附反應
進行噬菌體ELISA實驗，首先要從分離的細菌Topl0F’克隆中獲取出噬菌體顆粒，小規(guī)模獲取和純化。沉淀過程是否省略取決于特異性緩沖液的使用或噬菌體和誘餌的親和力。在第三輪淘選之前不推薦使用噬菌體ELISA篩選實驗，在大部分情況下它的陽性克隆率較低。

2 序列分析及所篩選的cDNA的全長克隆

每一輪的生物淘選實驗的zui終目的是推斷親和篩選出來的cDNA片段所編碼的蛋白的功能，且獲得相應的全長cDNA。為了減少將要分析的克隆數(shù)量，建議測定從gⅥ—cDNA噬菌?？寺≈蟹蛛x出來的*批cDNA片段的大小。通過標準質粒分離實驗方案可以從典型陽性ToplOF’克隆中分離得到的gⅥ—cDNA噬菌粒載體，同樣使用標準方法可以得到相應cDNA的序列。通過掃描整個數(shù)據(jù)庫可得到所篩選的cDNA的信息。

生物信息電學 大多數(shù)研究者使用美國國家生物技術信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBl）開發(fā)的基本局部比對搜索工具（BLAST）系列程序。因為一旦cDNA片段的閱讀框被確定，就可通過BLASTP比對蛋白文庫中的其中一個蛋白來搜索預測蛋白序列。DNA文庫或蛋白文庫中的序列提供了相應蛋白的功能或性狀的相關信息。由于在大多數(shù)情況下所獲得的eDNA片段不是全長eDNA，利用數(shù)據(jù)庫中的可用信息如表達序列標簽（EST）數(shù)據(jù)庫（dbEST）及它的zui低限度冗余數(shù)據(jù)庫版本（Unigene）可組成全長cDNA，并且利用網(wǎng)絡工具ESTBlast使得in silico克隆方法更簡易。

克隆全長cDNAs dbEST數(shù)據(jù)庫中的大部分EST來源于基因組表達的綜合分子分析聯(lián)盟或基因組研究協(xié)會的克隆。那么，獲得in silico克隆全長eDNAzui簡單的方法是從頒布者那里定購相應的克隆。假如全長eDNA序列沒有使用in silico方法集中起來，那么獲得更多的序列信息的zui快方法是運用快速擴增5，和（或）3’cDNA末端（RACE）。RACE是基于PCR技術，以mRNA為模板，在一確定的內部位點和mRNA3’或5，末端的未知序列之間擴增DNA序列。許多公司都提供方便的RACE試劑盒以獲得全長cDNAs，在zui后一步，可使用PCR克隆試劑盒繼續(xù)克隆。