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我國微生物大數據平臺建設獲進展
發(fā)布時間:2016-10-25近日,*微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心團隊題為World Data Centre for Microorganisms: an information infrastructure to explore and utilize preserved microbial strains worldwide的研究論文被學術期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在線發(fā)表,微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心主任馬俊才為本文通訊作者。
微生物作為zui簡單的生命體成為生命科學研究不可替代的基本材料,微生物數據是微生物資源共享和開發(fā)的關鍵環(huán)節(jié),數據資源的豐富性、準確性和共享水平決定著整個微生物學領域研究和應用的綜合能力。世界微生物數據中心(World data center for microorganisms, WDCM)隸屬于生命科學聯(lián)盟(IUBS)下屬的世界微生物菌種保藏聯(lián)合會(WFCC)和*教科文組織(UNESCO)下屬的微生物資源中心(MIRCEN),由世界菌種保藏聯(lián)盟在上世紀60年代建立,是微生物領域zui重要的實物資源數據平臺,也是我國生命科學領域*的一個世界數據中心。
在該研究中,團隊以世界微生物數據中心為平臺倡導微生物菌種保藏目錄(Global Catalogue of Microorganisms,GCM)重大微生物數據資源合作計劃,為分散于各個保藏中心和科學家手中寶貴的微生物資源提供一個統(tǒng)一的數據倉庫,并以統(tǒng)一數據門戶的形式,對*科技界和產業(yè)界提供微生物菌種資源的信息服務。目前已經有來自美國、法國、德國、荷蘭等43個國家和地區(qū)的107個微生物資源保藏機構正式參加這一計劃。
在大數據整合技術研究方面,團隊開發(fā)了生物資源引用平臺系統(tǒng),利用*的數據挖掘手段,從超過600萬已發(fā)表的微生物文獻、、核酸序列和基因組中,進一步提取了微生物資源的后續(xù)研究和利用的信息,并開發(fā)了參考菌株目錄,作為一個跨平臺參考目錄,整合ISO以及其他標準菌種統(tǒng)一編號,推動了菌種資源的高標準應用。該數據平臺對于微生物實物資源從采集、保藏、跨國轉移、學術和商業(yè)應用以及利益分享的各個環(huán)節(jié)都能提供有效的數據支持,為《名古屋議定書》在微生物領域的實施和執(zhí)行提供zui重要的支撐。平臺及其相關的指導原則,是上*次形成一套*的可運行的信息平臺方案。WDCM在CBD/NP實施方面的相關工作,也符合我國參與CBD工作的主要方向。
微生物大數據平臺目前已經處于穩(wěn)定的運行和服務階段,在數據集成和服務機制上,也進行了積極的探索,使得該平臺能夠有效地在范圍進行數據資源的集成,并實現(xiàn)可持續(xù)發(fā)展。同時,WDCM作為一個合作平臺,使我國科學家能夠在的角度,組織和協(xié)調各國的相關力量,建立性的合作框架,也讓中國有機會逐步在微生物資源的開發(fā)應用和數據共享方面占領微生物研究前沿和主導地位。截至目前,平臺的累計訪問次數已超過20萬次。
該研究得到國家“863”計劃《微生物數字化信息系統(tǒng)集成關鍵技術研發(fā)》、中科院信息化專項微生物領域云、中科院科技促進發(fā)展局《世界微生物數據中心建設》等項目的支持。
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