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（一）按研究微生物的基本生命活動規(guī)律為目的來分
　　總學(xué)科可稱為普通微生物學(xué)（GeneralMicrobiology）或微生物生物學(xué)（BiologyofMicroorganisms），其分支學(xué)科主要有：微生物形態(tài)學(xué)，微生物分類學(xué)，微生物生理學(xué)，微生物生物化學(xué)，微生物遺傳學(xué)，微生物生態(tài)學(xué)以及分子微生物學(xué)等。
（二）按微生物的應(yīng)用領(lǐng)域來分
　　其總學(xué)科可稱應(yīng)用微生物學(xué)（AppliedMicrobiology），其分支學(xué)科有：工業(yè)微生物學(xué)，農(nóng)業(yè)微生物學(xué)，植物病理學(xué)，醫(yī)學(xué)微生物學(xué)，藥用微生物學(xué)，獸醫(yī)微生物學(xué)，抗生素，食品微生物學(xué)，釀造學(xué)以及乳品微生物學(xué)等。
（三）按所研究的微生物的對象來分
　　例如：細(xì)菌學(xué)，真菌學(xué)，病毒學(xué)，噬菌體學(xué)，原生動物學(xué)，藻類學(xué)，支原體學(xué)，自養(yǎng)菌生物學(xué)以及厭氧菌生物學(xué)等。
（四）按微生物所在的生態(tài)環(huán)境來分
　　例如：土壤微生物學(xué)，海洋微生物學(xué)，環(huán)境微生物學(xué)，宇宙微生物學(xué)以及水微生物學(xué)等。
（五）按實驗技術(shù)操作來分。例如：實驗微生物學(xué)等。
（六）按微生物學(xué)與其他學(xué)科間的交叉情況來分這是一類具有旺盛“雜種優(yōu)勢”的新興邊緣學(xué)科，具有*的生命力。例如分析微生物學(xué)，化學(xué)微生物學(xué)，微生物化學(xué)分類學(xué)（MicrobialChemotaxonomy），微生物數(shù)值分類學(xué)（MicrobialNumericalTaxonomy）以及微生物地球化學(xué)等。