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純化過程在DNA全自動合成儀上是自動進行的，但也有以下幾種手工方法可以選擇。

1．NAP柱純化
由Pharmacia公司生產(chǎn)，主要成分為SephadexG-25，經(jīng)特殊處理后裝成不同體積的小柱，常用的有NAP-10。含寡核苷酸片段的氨水溶液，調(diào)整體積為lml加樣于NAP-10柱上（使用前以15ml雙蒸水平衡柱子）以lml雙蒸水洗脫，收集洗脫下的液體，即為純化的寡核苷酸，NAP-10柱可以純化長度在10mer以上的寡核苷酸，產(chǎn)率在90％以上。經(jīng)NAP-10柱純化后樣品中鹽的含量少于3％，*可以滿足實驗的需要。

2．丙烯酰胺凝膠電泳純化
從合成柱上洗脫的寡核苷酸片段，冰凍、干燥、去氨水，溶于適量水中后，點樣于15％～20％丙烯酰胺凝膠制備膠上，按10v／C1TI條件電泳，過夜。電泳完畢后，取下凝膠于EB染色后觀察，或直接將含寡核苷酸片段的凝膠置于硅膠熒光板上（CMC板）紫外線燈下，根據(jù)分子質(zhì)量的標準切下所需的區(qū)段（呈黑色），將膠塊置于少量緩沖液（10mmol／LTris—HCl，pH8．0，lmmol／LEDTA，300mmol／LNaCl）中，搗碎膠塊，25～42~C浸泡過夜（4～24h），或?qū)⒛z塊置于有少量緩沖液的透析袋中，通電情況下，寡核苷酸片段即進入透析袋中。洗脫的寡苷酸核片段以乙醇沉淀、洗滌，真空抽干后即可應(yīng)用。