文化藝術(shù)污染是一個比較嚴(yán)重的問題，特別是在勞動密集組織培養(yǎng)技術(shù)試驗中，步入式培養(yǎng)箱污染事情很有可能會毀壞幾個星期的工作中。污染很有可能來源于衣原體，病菌，黃曲霉菌，胞子，酵母菌或細(xì)菌，而且很有可能忽然鋪滿全部培養(yǎng)箱，或潛藏在間隙或水盤里。時興的抗污染對策包含加溫滅菌，紫外光滅菌和HEPA過濾。除污可以是與孵育不一樣的全過程，厭氧菌培養(yǎng)箱如在加溫滅菌循環(huán)系統(tǒng)中，或是它可以是與孵育與此同時產(chǎn)生的持續(xù)全過程，如HEPA過濾。在培養(yǎng)箱的內(nèi)襯和定位裝置中應(yīng)用銅也阻攔了微生物菌種的生長發(fā)育。

    NuAire的培養(yǎng)箱根據(jù)該企業(yè)完成的生物安全柜系列產(chǎn)品，應(yīng)用HEPA過濾來操縱污染。雖然在具體的生物安全柜內(nèi)開展全部卵化好像是理想化的，可是這類柜中的氣旋造成干躁。理想化狀況下，培養(yǎng)箱應(yīng)維持在95％的空氣濕度。