制藥生產(chǎn)過(guò)程中產(chǎn)生的廢水，污染物濃度高、水量大、組分復(fù)雜，廢水中含有大量難生化降解的化學(xué)合成物質(zhì)和殘留藥物成分以及藥物降解中間產(chǎn)物，碳/氮比例不協(xié)調(diào)，廢水高含氮源并含有大量硫酸鹽以及其他一些鹽類物質(zhì)等，廢水生化抑制因素復(fù)雜，可生化降解性很差。再加上我國(guó)醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)集中度低，企業(yè)數(shù)量多、規(guī)模小、結(jié)構(gòu)布局不合理，不同的企業(yè)產(chǎn)品種類及生產(chǎn)過(guò)程不同，適用的處理工藝也不相同。因此，相對(duì)于其他行業(yè)，制藥行業(yè)無(wú)論是廢水污染治理的技術(shù)難度，還是治理需要的資金投入都很大。
另外，我國(guó)制藥企業(yè)的新藥研發(fā)能力與發(fā)達(dá)國(guó)家制藥企業(yè)相比還存在較大差距，企業(yè)缺少具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的高技術(shù)含量、高附加值的新產(chǎn)品，多數(shù)制藥企業(yè)產(chǎn)品為利潤(rùn)低、污染重的仿制藥品或傳統(tǒng)低端產(chǎn)品，同品種生產(chǎn)企業(yè)數(shù)量眾多，產(chǎn)能過(guò)剩，其產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)導(dǎo)致污染治理費(fèi)用在產(chǎn)品制造成本中占有較高的比重。
雖然我國(guó)制藥工業(yè)廢水處理研究起步于上世紀(jì)70年代，這些年來(lái)，醫(yī)藥行業(yè)通過(guò)與高校、科研院所合作，不斷探索、創(chuàng)新，逐步建立起一套適于我國(guó)醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)特點(diǎn)的制藥廢水處理工藝技術(shù)體系，目前制藥廢水處理工藝技術(shù)水平與發(fā)達(dá)國(guó)家相比沒(méi)有太大差距，但在某些專有設(shè)備及材料技術(shù)性能水平上還有一定的距離。
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