微波有熱效應的快速升溫和非熱效應的雙重殺菌作用，相比常規(guī)熱力干燥、殺菌能在比較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的干燥、殺菌效果。一般殺菌溫度在65—70。C，75—80。C或103—121。C里，時間在3—8分鐘，且能保留更多的食品營養(yǎng)成分和色、香、味、形等風味。例如：采用常規(guī)熱力處理蔬菜保留的維生素C是46—50%，相比之下，微波處理法能達到保留維生素C的60—90%，常規(guī)加熱法豬肝維生素A保留值為58%，而微波法加熱則可達84%。

節(jié)能省電：

微波電能轉換效率高，一般在70%以上。微波是直接對食品進行作用處理，加熱箱體本身不被加熱，因而不存在額外的熱能損耗，所以節(jié)能省電，一般可節(jié)電30—50%。此外，決定細胞正常生長和穩(wěn)定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲型大分子，足夠強的微波可以導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發(fā)遺傳基因突變或染色體畸變。 生物效應在殺菌中起到了常規(guī)物理殺菌所沒有的特殊作用。